Enclavada dentro del recientemente declarado Parque Natural del Tajo Internacional (25.088 Hectáreas), la flora de Valencia de Alcántara es abundante y rica en diversas especies, a pesar de la acción antrópica que el hombre ejerce en la zona gestionando mal los bosques en ocasiones, combatiendo ineficazmente epidemias y maltratándola con incendios provocados que por desgracia ocurren con asiduidad. En concreto un gran incendio declarado el 2 de Agosto de 2003, que permaneció activo hasta el día 5 del mismo mes, dejó tras de sí unas 10.000 hectáreas arrasadas por las llamas, aproximadamente, de un paraíso de pinos, alcornoques, castaños, quejigos, encinas y robles, entre otros árboles, arbustos y matorrales. A pesar de todo, gracias a la capacidad de regeneración de la naturaleza, las instituciones y a Adenex (Asociación para la Defensa de la Naturaleza y los Recursos de Extremadura) con su "Programa Planta Bosques", se ha realizado una gran labor de limpieza de los restos del incendio y existe una reforestación permanente con ejemplares de la familia quercus como encinas, alcornoques, robles, madroños y otras especies de árboles autóctonos, sumándose a éstos los pinos que han aflorado por su propia iniciativa.
Las especies más comunes son el castaño, robles (carballos), alcornoques, encinas, pinos (pinus pinaster), vides, nogales, madroños, y tambien es abundante la vegetación de monte bajo como helechos bajo los pinos, jaras, escobas, tomillo, brezo y gran cantidad de plantas medicinales.
En alusión a Francisco Ladero Álvarez, catedrático de Botánica de la Facultad de Farmacia de la Universidad de Salamanca, destaca un artículo que dice: "El territorio de Valencia de Alcántara es un rincón único dentro de Extremadura ya que en él se dan una serie de factores climáticos y geológicos que hacen del lugar una isla de vegetación atlántica dentro del dominio mediterráneo... Al viejo encinar cacereño, o alcornocal entre berrocales, le sustituye un bosque de "carballos" como llaman los nativos al roble melojo. Estos bosques en otros tiempos fueron sustituidos en parte por castañares y en algunos casos por pinares de pino marítimo. La explicación de este cambio hay que buscarla en la influencia que ejerce la Sierra de Sâo Mamede (Portugal). Esto lleva consigo un microclima mucho más fresco. Existe uniformidad en cuanto a los substratos geológicos; el territorio está cruzado por el batolito granítico de Alburquerque y flanqueado al noroeste y sudoeste por sedimentos pizarrosos en los que se intercalan ricos en cuarcitas. En una palabra, todos los sedimentos son silíceos (lo que concuerda con la teoría de Loustau) y debería haber uniformidad en la vegetación, pero en las zonas berroqueñas prospera el roble mientras que en los suelos pizarrosos hasta la frontera, o está cultivado el pino o se encuentra la mayor parte de los castañares. Como los vegetales son los mejores indicadores de unas condiciones climáticas específicas, esto se pone en manifiesto por la presencia de unos elementos cuyas áreas naturales se hallan muy alejadas como La Beira Litoral, Tras Os Montes o La Galicia meridional o El Algarve y las sierras gaditanas del sur. La cuenca alta de la Rivera de Avíd se convierte así en una encrucijada de vías migratorias y sirve de nicho ecológico a una serie de especies de claro matíz atlántico, como el tojo menor, el ouropeso, la viborera portuguesa, la manzanilla amarilla o la gramínea amacollada llamada "agrostis curtisii". Si estas plantas han llegado a este rincón siguiendo las vías migratorias desde el norte, otras lo hicieron desde el sur... como la planta insectívora comunmente llamada atrapamoscas ("Drosera rotundifolia") que aquí crece perfectamente, "la euphorbia monchiquensis", "la pedicularis sylvática" o la "ithogalum unifolium". En la Sierra fría encontramos una especie autóctona de esta zona, la “Drosophyllum Lusitanicum”, planta carnívora con tallos cubiertos de gotas pegajosas que atrapan y digieren insectos, hojas lineares y flores hermafroditas con 5 sépalos soldados en la base y 5 pétalos libres, y fruto en capsula.
Comentario especial merece la flora medicinal de este territorio, las plantas que tanto han preocupado al hombre para mitigar el dolor y conservar la salud, tienen en estos parajes una amplia representación. No menos de 100 especies pueden encontrarse, desde las ya clásicas digitales o dedaleras, (digitalis purpúrea) que crecen en las bases de los riscos de cuarcita de Sierra Fría al helecho macho en las gargantas sombrías. En los claros del robledal, los majuelos cuyas flores están consideradas como sedantes, antiespasmódico y dilatador coronario. Las plantas ricas en tanino son abundantes, desde las agallas de los quejigos hasta los rizomas de las hierbas de San Roberto, de San Benito o la quiruela. En el grupo de los diuréticos es amplia también la representación como "la reina de los prados", la vulgar parietaria y "la sangre de Cristo".
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